Se mantenute per lungo tempo in coltura, tutte le cellule tendono a sviluppare anomalie cromosomiche. A questa "regola" non si sottraggono neanche le cellule staminali embrionali. Tuttavia, secondo un recente articolo pubblicato sulla prestigiosa rivista Proceedings of the National Academy of Sciences, le cellule embrionali sviluppano un minor numero di mutazioni delle cellule adulte. Secondo gli autori dello studio, Jay A. Tischfield e Peter J. Stambrook, la mutazione piu' comune nelle cellule staminali embrionali di topo e' la perdita di un cromosoma. Le cellule con questa mutazione possono pero' essere facilmente identificate ed eliminate. Il problema si pone seriamente solo dopo un gran numero di passaggi in vitro, quando la frequenza di queste mutazioni aumenta.
Secondo Larry Goldstein, della University of California, e' possibile che, per questo motivo, molte delle 78 linee cellulari registrate all'NIH siano inutilizzabili nella pratica clinica.