Il 16 maggio, il Giappone ha confermato un primo focolaio d'influenza A nell'ovest dell'arcipelago dove un liceale, che non aveva viaggiato all'estero, e' risultato positivo al virus H1N1. Il diciassettenne originario di Kobe e' il primo caso confermato d'infezione all'interno dell'arcipelago. All'inizio del mese il Giappone aveva scoperto i primi casi d'influenza A all'aeroporto di Narita, vicino a Tokyo, ma si trattava di un professore e tre studenti che avevano contratto la malattia in un viaggio di studi in Canada.
Il direttore del Centro nazionale di vigilanza delle malattie infettive, Nobuhiko Okabe, e' convinto che il virus si propaghera', e raccomanda agli ospedali di provvedere con equipe mediche supplementari.